La Congrégation des Sœurs hospitalières a été fondée en 1443 à Beaune en France, par un couple, Nicolas Rolin et son épouse Guigone de Salins. C’était après la guerre « de Cent ans » qui a laissé beaucoup de misères dans ce pays. Touché par cette misère, Nicolas Rolin met sa fortune dans la construction d’un hôpital appelé « Hôtel-Dieu » pour accueillir toutes les personnes souffrantes. Il place une chapelle au cœur de cet Hôtel-Dieu, de façon à ce que tous les malades puissent suivre la messe depuis leurs lits qui étaient orientés vers l’Autel. Il voulait "rendre plus complètes les œuvres de miséricorde et plus convenable le service divin". Son désir profond était « Que soit accueilli le Seigneur sous les voiles du Sacrement et sous l’apparence du pauvre ». Il invitait les Sœurs à accueillir les malades, comme elles accueillent le Christ présent dans le Saint Sacrement. Pour accomplir cette mission sanctifiante, les Sœurs servaient les pauvres et les malades, visage du Christ souffrant et présent en eux, avec dévouement car disaient-elles « si les pauvres et les malades ont le droit d’être exigeants, nous, nous avons le devoir d’être patientes envers eux ». Cela a aidé les Sœurs à remplir leur mission avec un cœur compatissant depuis le Moyen-Âge jusqu’aujourd’hui.

La congrégation des Sœurs hospitalières de Beaune donne naissance à de nombreuses congrégations qui deviennent indépendantes et capables de fonder à leur tour d'autres congrégations, toutes reliées à la même source. C'est ainsi qu'en 1781 nait la congrégation de Fribourg, fondée par les Sœurs hospitalières de Sion.

Pour répondre aux appels pressants de l'Église, trois premières Sœurs sont envoyées au Rwanda en décembre 1970.